酒曲有很多种，但是总的说来分五种，分别是大曲、小曲、麦曲、红曲还有麸曲。很多小的分类都是在这五种酒曲的基础上进行的细分。
大曲，包括了传统大曲、强化大曲和纯种大曲。
传统大曲有酱香酒曲（高温曲）、浓香酒曲（中高温曲）以及清香酒曲（低温曲）。强化大曲添加了不同的纯菌种，经过培养而成。纯种大曲就是以单一纯种菌种培养而成。
小曲，包括了黄酒曲、白酒曲和甜酒曲。
黄、白酒曲包括了传统小曲，比如药曲等，还有纯种小曲，比如米粉根霉曲等。甜酒曲包括了传统酒曲还有纯种酒曲，比如浓缩甜酒曲等。
麦曲，包括了传统麦曲和纯种麦曲。
传统麦曲包括专曲、草包曲等，纯种麦曲包括窗子曲、盒子曲等。
红曲，包括了传统红曲、纯种红曲、黄衣红曲还有乌衣红曲。
麸曲，包括了纯种麸曲（通风曲、液体曲等）、细菌麸曲（芽孢杆菌培养的酒曲）和纯种酵母（固态酵母、液态酵母、干酵母）。
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